Шестое место по объему производства в 2005 г. в структуре краевой промышленности занимало производство кокса на ОАО «Алтай-кокс» (Алтайский коксохимический завод, Заринск). В 2004 г., по данным предприятия, использование производственных мощностей на комбинате превышало 90%. ОАО «Алтай-кокс» первым из Алтая исчерпало ресурсы девальвации рубля 1998 г. Но интенсивное использование факторов роста производства, порожденных импортным замещением, стало недостаточным, поэтому необходимы новые кардинальные решения для развития предприятия. Доля производства кокса в общем объеме промышленности края повысилась с 7,1% в 2001 г. до 14,8% в 2004 г. По всей видимости, при благоприятной конъюнктуре, пока не войдет в строй пятая коксовая батарея и не освоены новые технологии, данный вид деятельности краевого производства составит примерно 11–13%.
ОАО «Алтай-кокс» в 2004 г. занял в сибирском регионе 12-е место из 400 крупнейших предприятий, но он больше вписывается в систему кузбасских предприятий. Фактически до 2006 г. «Алтай-кокс» определял жизнедеятельность только Заринска, он также поставляет значительную часть дивидендов собственникам завода – фирмам с Кипра и Урала.
Значение данного производства в хозяйстве края могло быть несоизмеримо выше, но предприятие отказалось от владения финансовыми активами ряда ранее приобретенных крупных и средних алтайских промышленных, сельскохозяйственных и других предприятий.
В 2005–2006 гг. производство кокса в крае постоянно снижалось. На это повлиял общий кризис в черной металлургии страны, спровоцированный вытеснением России с мирового рынка черных металлов. Владельцев ОАО «Алтай-кокс» успехи в экономическом состоянии предприятия в начале ХХI в. мало интересовали (хотя, к примеру, ОАО «Алтай-кокс» входило по итогам 2001 г. в пятерку предприятий страны, наиболее динамично развивавших внешнюю торговлю), поэтому в 2002 г. была произведена замена высшего исполнительного руководства ОАО. Так, с завода ушел один из лучших менеджеров Алтайского края С. Хачатурян, который после этого сумел вывести на новый уровень работы ОАО «Алтайвагон».
В 2000–2005 гг. медленно шло строительство пятой коксовой батареи, а цена крупнейшего инвестиционного проекта края этих лет дошла до 400 млн долл. Темпы строительства пятой коксовой батареи явно не отвечали возможностям Уральской горно-металлургической компании (УГМК), куда входило ОАО, и, по всей видимости, высший менеджмент концерна предпочитает решать свои корпоративные интересы, которые находятся в противоречии с интересами территории. Весной 2006 г. 88% акций ОАО «Алтай-кокс» стали собственностью владельца Новолипецкого металлургического завода – В. Лисина.
В 2004 г. начался новый этап развития цветной металлургии на Алтае. Именно в тот год после пятнадцатилетнего строительства вступил в действие Рубцовский рудник по добыче сырья для выплавки меди, свинца, цинка и прочих металлов, которым сейчас управляет компания «Сибирь-Полиметаллы», однако постоянные институциональные изменения мешают его активной производственной деятельности. Рудник пока принадлежит УГМК, но никто не может гарантировать сохранение стабильной ситуации.