Довольно значительное место в современной отраслевой структуре края сохраняет химическая и нефтехимическая промышленность. Более пяти лет (1999–2004 гг.) продолжалась стагфляция объемов производства и цен в этой отрасли. Только за 2002 г. объем производства сократился почти на 35%. В 2004 г. доля отрасли в промышленности края составила 8,5%, сократилось производство большинства изделий. Стабильно работает на протяжении последних пяти лет только ОАО «Кучуксульфат», а другие предприятия, как правило, сократили объемы производства из-за низкого спроса, уменьшения государственного заказа оборонным предприятиям Бийска, сокращения выпуска средств защиты растений в Яровом.
Сохраняется значимость Бийского олеумного завода (БОЗ).
В настоящее время ФГУП БОЗ дает более 30% всей продукции оборонно-промышленного комплекса края. ФНЦП «Алтай», имеющий лучшую в крае научно-техническую базу, производит до 15% объема ОПК края. Однако даже эти предприятия не могут быть уверенными в постоянном государственном заказе, а значит, планировать развитие производства на средне- и долгосрочный периоды.
В 2002 г. завершился процесс перехода в собственность новых владельцев бийского ОАО «Полиэкс» (бывшего оборонного химического комбината), который продолжался много месяцев. Смена нескольких владельцев на «Полиэксе», как и на ряде других химических предприятий, привела к фактической ликвидации производства.
Относительно успешно в 2005 г. функционировал ООО «ПО Алтайский шинный комбинат», а неудовлетворительно работали ОАО «Михайловский завод химреактивов», ФГУП БОЗ и ОАО «Алтайхимпром». Был обанкрочен барнаульский ЗАО «Комбинат химических волокон».